Почему иногда чешется нёбо во рту?

Причина может быть в чем угодно: инфекционное воспаление, травма горячей или холодной пищей, рыбьей костью, воспаление из-за слишком кислой среды в полости рта, да банально, авитаминоз. Возможно, травмирован какой-нибудь нерв в носоглотке. Если, как вы говорите, "иногда", то это может быть обострение какой-нибудь хронической инфекции.