Когда имя Настасья стало отдельным именем в отличае от Анастасия?

Большая вероятность, что имя Настасья с Анастасией были разъединены в Советское время. Тогда возник принцип о разных формах имени. Иные формы имен считаются разными именами и в документах пишутся, как разные имена.

Настасья - разговорная форма, на возникает при упущении первого гласного. А от имени Анастасия. И при этом из разговорной формы переходит в документальную форму. То есть осуществился переход из одной форму в иную и при этом становится самостоятельным именем. Так же как имена Наталия с Натальей - в начале была Наталия, потом в результате замены буквы -и на мягкий знак-ь возникает ее иная форма. Наталья и Наталья и в результате перехода из иной формы в иную становится самостоятельным именем.